Dica do Rodrigo Broca

Link 1:http://forum.clubedohardware.com.br/folding-home/581863

Link 2: http://folding.stanford.edu/Portuguese/Main

O projeto Folding@home (lê-se folding at home) é um projeto da universidade de Stanford que visa compreender como as proteínas se enovelam (fold, dobramento em inglês).

Como funciona o projeto ?

É bem simples, você precisa ter o programa (cliente) instalado em seu computador e nada mais, o resto ele faz automaticamente.

O cliente instalado em seu computador, quando iniciado, verifica se há alguma Work Unit (WU, unidade de trabalho) que já foi iniciada.
Se houver ele verifica se os arquivos estão íntegros, pois se não estiverem o cálculo é reiniciado (todo o trabalho é perdido..), se estiverem ele dá continuidade à simulação.

Se não houver nenhuma WU iniciada o “cliente” contacta os servidores de Stanford para baixar uma WU, é um arquivo bem pequeno contendo informações sobre o projeto, as coordenadas dos átomos, a identidade de cada um, com quem eles estão ligados, as condições de temperatura da simulação, propriedades do solvente e outras informações.

Cada WU requer um Core específico para realizar a simulação, se sua máquina não tiver o Core necessário instalado ele também é baixado dos servidores de Stanford.

Os Cores são os programas que de fato efetuam os cálculos. São vários deles para que as pessoas não precisem instalar vários grandes programas de dinâmica molecular em seus computadores, ocupando bastante espaço em disco, sendo também alguns desses programas pagos e nem sempre fáceis de se usar.

São os cores:

AMBER: baseado no pacote AMBER utiliza uma aproximação GB/SA, solvatação implícita, potenciais eletrostáticos em água pura ou com íons.
GROMACS: baseado no famoso programa GROMACS, um dos mais utilizados programas para cálculos de dinâmica molecular do mundo, tira proveito das instruções SSE e SSE2, efetua cálculos com solvatação explícita e é de 20 a 30 vezes mais rápido que o Core Tinker, inicialmente utilizado.
QMD: utiliza o programa CPMD para realizar os cálculos, utiliza algoritmos de mecânica quântica, que são mais precisos porém MUITO mais pesados.
Tinker: foi o primeiro core a ser utilizado, realiza alguns cálculos que o Core GROMACS ainda não faz como solvatação implícita, alguns campos de força e estudos de polarizabilidade. Está gradativamente sendo desativado à medida que o Core GROMACS evolui.
PS3: é um Core específico para quem possui um PlayStation 3.
GPU: Core específico para quem possui placas de vídeo ATI Série HD e posteriorres, e nVidia série 8 e posteriores.

Existem subtipos de cores, sendo cada um específico para um tipo de simulação. Se você tiver curiosidade de saber o que é cada um deles por favor, pesquise aqui: GROMACS, AMBER, QMD).

Fonte: http://forum.clubedohardware.com.br/folding-home/581863